Axel Stoll chào đời tại quận Pankow, Berlin nước Đức.[2] Ông theo học ngành địa chất tại Đại học Greifswald và tốt nghiệp hạng ưu tú. Sau khi ra trường, ông tới Potsdam làm việc tại ban nghiên cứu địa lý học và vũ trụ học theo lời mời gọi của Viện Vật lý Trung ương Địa cầu (ZIPE) thuộc Viện Hàn lâm Khoa học Cộng hòa Dân chủ Đức.

Ông miệt mài với hoạt động nghiên cứu tại đây và rồi ít lâu sau học lên tiến sĩ với đồ án tốt nghiệp mang tên về nhịp điệu/tính chu kỳ và mối tương quan của vùng địa dư Saxon cao hơn vùng phía tây Altmark công bố ngày 16 tháng 10 năm 1984. Bản luận văn này dưới sự hướng dẫn tỉ mỉ của giáo sư Gerhard Katzung trong vai trò cố vấn tiến sĩ và được coi là thông tin tuyệt mật cho đến tận năm 1988, vì Stoll chịu trách nhiệm xử lý địa chất của khu vực biên giới nội địa nước Đức thời đó.[3]

Ngày 28 tháng 7 năm 2014, nhà chức trách đã phát hiện Stoll qua đời ngay trong căn hộ của mình.[4]